Lietuvos II futbolo lyga 1998–1999 m.
Varžybos prasidėjo 1998-08-06, baigėsi 1999-06-22.
Rytų zona
Vieta | Komanda | R | + | = | – | Įvarčiai | Tšk. | Pastabos | V |
1. | Pieno cechas Kalvarija | 28 | 19 | 4 | 5 | 55 — 24 | 61 | ||
2. | Savingė Kaišiadorys | 28 | 18 | 4 | 6 | 61 — 31 | 58 | ||
3. | FK Grigiškės | 28 | 16 | 5 | 7 | 47 — 42 | 53 | ||
4. | Vėtra Rūdiškės | 28 | 16 | 5 | 7 | 58 — 29 | 53 | ||
5. | Širvinta Širvintos | 28 | 15 | 6 | 7 | 75 — 49 | 51 | ||
6. | FM Panevėžys | 28 | 14 | 6 | 8 | 71 — 38 | 48 | ||
7. | Kaitra Lentvaris | 28 | 12 | 10 | 6 | 51 — 36 | 46 | ||
8. | Sveikata Kybartai | 28 | 13 | 4 | 11 | 57 — 49 | 43 | ||
9. | Geležinis vilkas Vilnius | 28 | 12 | 2 | 14 | 73 — 50 | 39 | ||
10. | SM Prienai | 28 | 9 | 5 | 14 | 42 — 68 | 32 | ||
11. | Dainava-2 Alytus | 28 | 6 | 5 | 17 | 34 — 74 | 23 | ||
12. | Nevėžis-2 Kėdainiai | 28 | 6 | 5 | 17 | 35 — 54 | 23 | ||
13. | Šilas Kazlų Rūda | 28 | 5 | 8 | 15 | 36 — 69 | 23 | ||
14. | Atžala Vilkaviškis | 28 | 6 | 3 | 19 | 36 — 69 | 21 | ||
15. | FBK Kaunas-2 | 28 | 5 | 3 | 20 | 28 — 77 | 18 | ||
x. | LOSC Vilnius | — | pasitraukė po I rato, jo vieton stojo „Geležinis vilkas“ |
Vakarų zona
Vieta | Komanda | R | + | = | – | Įvarčiai | Tšk. | Pastabos | V |
1. | Žėrutis Radviliškis | 26 | 22 | 2 | 2 | 76 — 17 | 68 | ||
2. | VFK-33-Gintra Šiauliai | 26 | 20 | 4 | 2 | 81 — 27 | 64 | ||
3. | Minija Kretinga | 26 | 15 | 2 | 9 | 56 — 31 | 47 | ||
4. | Kražantė Kelmė | 26 | 13 | 4 | 9 | 42 — 39 | 43 | ||
5. | Mastis-2 Telšiai | 26 | 12 | 3 | 11 | 65 — 53 | 39 | ||
6. | FK Akmenė | 26 | 10 | 7 | 9 | 40 — 49 | 37 | ||
7. | FK Jurbarkas | 26 | 11 | 3 | 12 | 46 — 51 | 36 | ||
8. | Venta Kuršėnai | 26 | 11 | 2 | 13 | 56 — 54 | 35 | ||
9. | Atlantas-2 Klaipėda | 26 | 10 | 2 | 14 | 44 — 37 | 32 | ||
10. | FK Mažeikiai | 26 | 10 | 1 | 15 | 40 — 66 | 31 | ||
11. | Hidrogeologija Šiauliai | 26 | 7 | 5 | 14 | 37 — 51 | 26 | ||
12. | Širvėna Biržai | 26 | 7 | 4 | 15 | 24 — 56 | 25 | ||
13. | Kareda-2 Šiauliai | 26 | 6 | 3 | 17 | 26 — 63 | 21 | ||
14. | Kruoja Pakruojis | 26 | 6 | 2 | 18 | 20 — 59 | 20 |
{{}}